Kościół Bożego Miłosierdzia w Krakowie u zbiegu ulic: Bożego Miłosierdzia, Felicjanek i Smoleńsk początkowo funkcjonował jako świątynia drewniana, zniszczona końcem XVI wieku przez wojska arcyksięcia Maksymiliana Habsburga. W 1 poł. XVII w. wzniesiono tu kościół murowany, który pełnił rolę kaplicy i szpitala dla ubogich. Świątynia została ponownie całkowicie zniszczona w czasie potopu szwedzkiego. Po odbudowie odbyła się jej konsekracja w dniu 25 października 1655 roku, której dokonał bp Mikołaj Oborski.
Oprócz szpitala przy kościele został założony pierwszy krakowski dom zakonny Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Siostry otworzyły tu dom schronienia dla moralnie upadłych kobiet. Kościół był miejscem pokuty za popełnione grzechy.
W najstarszym przewodniku po kościołach Krakowa z 1603 roku czytamy: „kapella Miłosierdzia Bożego na Smoleńsku nad Rudawą”, co świadczy o tym, że pierwszym tytułem tej świątyni było Miłosierdzie Boże. Fakt ten uwiarygadnia tezę, że jest to najstarszy kościół na ziemiach polskich pod tym wezwaniem.
W kościele znajduje się wiele dzieł sztuki ufundowanych przez krakowskich mieszczan z XVII i XVIII wieku. Szczególnie cennym obrazem jest wizerunek Pana Jezusa Miłosiernego pędzla lwowskiego artysty Stanisława Batowskiego. Został on namalowany z przeznaczeniem do kaplicy Sióstr w klasztorze w Łagiewnikach, zamówiony przez m. Michaelę Moraczewską, jednak nigdy tam nie trafił. Wszystko dlatego, że w tym samym czasie wizerunek Jezusa Miłosiernego namalował Adolf Hyła, który postanowił ofiarować obraz jako wotum dziękczynne za ocalenie rodziny w czasie wojny. Obaj malarze swoje dzieła skończyli jesienią 1943 roku. Kardynał Adam Sapieha podjął wówczas decyzję, by do Łagiewnik przekazać dzieło Hyły. Zapewnił przy tym, że również dla obrazu Batowskiego przeznaczy godne miejsce. Tym sposobem przekazał go do niewielkiego kościółka na krakowskim Smoleńsku.
Z kościołem związany był również ks. Grzegorz Gerwazy Gorczycki, nazywany polskim Bachem, który po śmierci został prawdopodobnie tu pochowany. Przed laty modlił się tu wielokrotnie również Karol Wojtyła, co sam później potwierdził już jako papież Jan Paweł II.
Dziś świątynia jest własnością Kapituły Metropolitalnej na Wawelu, stanowiąc od wieków prebendę kanoników i integralną część parafii katedralnej. Msze Święte odprawiane są codziennie o godz. 6.45 (w czwartki o 17.00) i w niedziele o godz. 8.00, 9.00 i 10.00.
